Al vanaf de oudste tijden is een hechte band nawijsbaar tussen onderricht aan de jeugd en de sociaal-culturele tradities van een volk. Vanuit de Griekse en Romeinse geschiedenis is dit al te volgen, zeker toen in de jonge kerk de eredienst steeds verder een vaste vorm kreeg.

Vooral tijdens de Middeleeuwen werden aan kathedralen scholen opgericht ter bevordering van de liturgische muziek, inzetbaar voor alle vormen van eredienst. Ook Haarlem bleef bij deze ontwikkeling niet achter en de eerste berichten over zang in de (oude) Bavo stammen van rond 1300. De Reformatie in de 16^e eeuw maakte ook in Haarlem helaas een einde aan de inmiddels bloeiende praktijk van de kerkmuziek.

In 1898 echter werd, na het voltooien van de eerste bouwperiode van de (nieuwe) Bavo, de Kathedrale Basiliek aan de Leidsevaart, weer een koor opgericht.

In 1937 werd Dr. A. Kat benoemd als kapelaan aan bovengenoemde kathedraal. Bijna 15 jaar werkte hij aan zijn ideaal: de herleving van de kerkmuzikale traditie in de Haarlemse Bavo en dan met name de heroprichting van de eerste Koorschool in Nederland na de Reformatie.

In 1946 werd de eerste stap in deze richting gezet door het in het leven roepen van de ‘Stichting Muziekinstutuut van de Kathedraal St. Bavo te Haarlem’, met het doel het bevorderen van de kennis en de praktijk van de kerkmuziek en de liturgie in de kathedraal.

In 1951 zag Dr. Kat zijn ideaal verwezenlijkt: een eigen basisschool aan het Wilhelminapark voor de koorjongens van de kathedraal met dagelijks, naast het reguliere onderwijs, muziekonderricht in stemvorming, muziektheorie en repertoirestudie.

Na het overlijden van Dr. Kat in juni 1958, werd kapelaan P. Boogaards benoemd tot directeur van het internaat en de heer K. Bornewasser tot muzikaal leider van het Muziekinstituut. In september 1963 werd Mgr. Dr. J. Valkestijn benoemd tot directeur en muzikaal leider. Door o.a. behuizingproblemen besloot men in 1964 het internaat op te heffen en de koorschool tot een dagschool te maken voor jongens uit Haarlem en omstreken.

In 1973 zijn Koorschool en Muziekinstituut verhuisd naar de Westergracht, alwaar een voormalig nonnenklooster ingrijpend werd verbouwd. In 2002 heeft opnieuw een grote verbouwing plaats gevonden om de school aan te passen aan de eisen van deze tijd.

In oktober 1989 werd Mgr. J. Valkestijn opgevolgd door zijn toenmalige assistent A. Ziekman. In 2010 werd tevens mevr. S. Nieuwenhuijsen als dirigent toegevoegd aan het Muziekinstituut.

Na overleg met de diverse betrokkenen werd door bestuur en directie besloten om vanaf september 1992 meisjes in de gelegenheid te stellen zich ook aan te melden voor de Koorschool. Door de komst van de meisjes beschikt het Muziekinstituut nu over verschillende deelkoren die zelfstandig ingezet kunnen worden voor vieringen en concerten. Uit het Kathedrale koor zijn inmiddels voortgekomen: het Mannenkoor, het Jongenskoor, de Meisjescantorij, de Bavocantorij en de Cappella Puellarum. De leerlingen die verbonden zijn aan de Koorschool vormen samen ook nog het Schoolkoor. Elders op deze site zijn deze koren uitgebreid beschreven.

Hoewel de primaire taak van het Muziekinstituut ligt bij de verzorging van de eredienst in de kathedraal, heeft het bestuur in 2010 besloten de ontwikkeling van niet liturgische muziek te stimuleren ten behoeve van een breder publiek. Dit alles is vastgelegd in een muzikaal artistiek beleidsplan, dat komende tijd uitgangspunt zal zijn van het muzikale beleid van het Muziekinstituut.